Sus inicios en competición se remontan a la temporada 54/55, año en que militaría en Tercera División, donde conseguiría finalizar en séptimo lugar de un total de diez equipos inscritos en la categoría.

Al año siguiente (55/56), y una vez establecidas las bases de lo que sería este nuevo club, los cordobesistas lograrían aglutinar en torno a sí todas las esperanzas de la ciudad, llegando a alcanzar la cifra de 10.000 socios. Con este gran apoyo social lograrían su primer ascenso a Segunda División tras finalizar líderes de su grupo de Tercera y de la fase de ascenso, donde tuvieron que pelear con otros siete equipos por alcanzar el éxito.

Pasaron dos años y el conjunto cordobés empezó a sentir que se acercaba el momento de intentar dar el salto a la Primera División. Superaron una tremenda crisis institucional, terminaron por romper un espectacular récord de tres años consecutivos sin perder en casa, varios presidentes y entrenadores pasaron por la entidad y finalmente terminarían ocupando el noveno lugar de la clasificación.

En el temporada 58/59 participaron por primera vez en la Copa del Generalísimo donde se enfrentarían a Baracaldo y Valencia, y se salvaron en la última jornada del campeonato liguero. Pero la maquinaria ya estaba en marcha y la ciudad vivía pendiente de un equipo que tenía ganas de dar el gran salto.

En la campaña 59/60 rozaron la hazaña, al perder en el último partido la oportunidad del ascenso directo, a favor del R. Mallorca, viéndose empujados a disputar una liguilla de ascenso que no superarían, dejándoles fuera la Real Sociedad.

Su primer año en lo más alto del escalafón futbolístico lo cerrarían con la duodécima posición, que no terminó por reflejar la buena temporada de los andaluces en su estreno en Primera. El año siguiente (63/64) se produciría un grave accidente en el que fallecerían once seguidores del cuadro cordobés cuando se dirigían a presenciar el último encuentro de liga de su equipo en su estadio ante el Levante. Aquel año el equipo finalizó en el undécimo lugar.

Pero lo mejor estaba por llegar. El quinto puesto de la temporada 64/65 por delante de Barcelona, Bilbao o Sevilla supuso el mejor resultado para un equipo que no perdió un solo partido en casa en toda la temporada, recibiendo tan solo un gol en contra. Como curiosidad cabe destacar que este año, procedente del juvenil, debutaría Reina como portero del cuadro cordobés.

Este buen resultado supuso la marcha de gran parte de las figuras del equipo, entre ellas Reina, que ficharía por el Barcelona. Aquella temporada 65/66 volverían a finalizar en undécimo lugar.
Al año siguiente (66/67) lograrían salvar la categoría en la penúltima jornada de liga disputada ante el Hércules de Alicante. Peor les fue en la posterior campaña cuando tendrían que esperar a los partidos de promoción para, un año más, mantener la categoría. Se habían vivido los mejores años de la historia de un club que empezó una época de decadencia.

Descenso a Segunda División
En la temporada 68/69 sufrirían el descenso de categoría con el que ya habían estado “jugando” los años anteriores. El equipo finalizaría colista y no pudo escapar del descenso tras lograr únicamente cinco victorias en toda la temporada.

Pero sorprendentemente, contra todo pronóstico, el Córdoba volvería a resurgir una vez más para en la temporada 70/71 retornar a Primera División de nuevo. Lo lograrían en la penúltima jornada, y otra vez con el Hércules como rival. Aquel año el Rayo quedaría quinto empatado con el Córdoba a 45 puntos, pero se quedó fuera por haber perdido un partido más que los andaluces. La 71/72 sería la última campaña del cuadro blanquiverde entre los grandes del fútbol español. Intentaron ascender a la temporada siguiente pero finalizaron en mitad de tabla. En la 73/74 se salvarían del descenso de milagro.

Pasaron varios años con el equipo moviéndose entre zona de nadie y opciones de ascenso (que finalmente nunca llegaron a consumarse). A finales de la década de los 70 el Córdoba perdía su sitio en Segunda, pero se veía beneficiado por la creación de la Segunda División “B”. En la temporada 80/81 regresarían momentáneamente a Segunda para un año después volver a descender y vivir casi dos décadas de “travesía del desierto”.

En 1988 los jugadores cordobeses se encerrarían durante tres días como protesta por la no percepción de sus salarios durante dos meses. Esta circunstancia se volvería a repetir once años más tarde, en 1999, cuando volvieron a encerrarse por la falta de cobro de tres mensualidades.

Actualmente el Córdoba se encuentra en Segunda División, y aunque sus inicios de temporada han sido un tanto irregulares, lo que les ha llevado a ocupar un puesto en la zona peligrosa de la clasificación y a destituir a su primer entrenador, nadie duda de las posibilidades de un equipo hecho para sobrevivir en la parte tranquila de la tabla.

Plantilla
Porteros: David Valle, Raul Navas y Fernando.

Defensas: Rubén, Mario, Aurelio, Pablo Ruiz, Gaspar, Pierini y Ceballos.

Centrocampistas: Cristian Alvarez, Ito, Arteaga, Javi Flores, Endika, Guzmán, Carpintero, José Vega y Katxorro.

Delanteros: Yordi, Gastón Casas, Asen y Pepe Díaz.

Entrenador: Juan Luna Eslava.