El nuevo entrenador del Rayo Vallecano, Francisco Rodríguez, empezó su andadura en los banquillos como técnico del filial del Almería en Segunda División B hasta que en la temporada 2013-14 se hizo cargo del primer equipo en Primera División. Tras un inicio horrible, con diez partidos consecutivos sin conocer la victoria, el conjunto almeriense logró enderezar el rumbo y terminó salvándose, lo que permitió al técnico arrancar la siguiente temporada. Ese segundo año (2014-15) no lo completaría puesto que de nuevo un inicio con tan solo dos victorias en las primeras catorce jornadas terminaría costándole el puesto en un equipo que acabaría descendiendo a Segunda División

En la temporada 2016-17 Francisco se haría cargo del UCAM Murcia en Segunda División, conjunto al que llegó en Diciembre y al que dirigió veinticuatro jornadas logrando siete victorias y nueve empates, pero descendiendo al acumular ocho derrotas, tres de ellas de manera consecutiva.

La siguiente campaña (2017-18) la arrancó y finalizó  a los mandos del C.D. Lugo en Segunda División, en la que sería su segunda aventura completa en un banquillo. Apenas duró aquella temporada, puesto que el conjunto gallego decidió rescindir su contrato para el año siguiente. Francisco fue testigo del ascenso del Rayo de Míchel a Primera División.

Su llegada al Huesca la temporada siguiente (2018-19) vino precedida de un fichaje relámpago por el Córdoba, en el que apenas estuvo treinta y cinco días, rescindiendo por mutuo acuerdo sin haber llegado a debutar. En el Huesca terminaría descendiendo a Segunda División tras lograr una victoria en sus primeros trece partidos y tan solo dos más en sus últimos doce encuentros.

Las dos siguientes temporadas de Francisco como entrenador serían al frente del Girona. Primero (2019-20) en la que, tras coger al equipo en el tramo final de liga en Segunda División, perdería en la promoción de ascenso contra el Elche (0-0 en Alicante y 0-1 en Girona). El año siguiente (2020-21), en su tercera y última temporada completa en un banquillo profesional, volvería a llegar a la promoción de ascenso a Primera pero en esta ocasión sería el Rayo Vallecano de Iraola el que se cruzaría en su camino (1-2 en Vallecas y 0-2 en Girona).

En la temporada 2021-22 dirigió al Elche en Primera División, logrando salvarle pese a lograr una victoria en los últimos cuatro partidos, pero otra vez un nefasto inicio de temporada con seis derrotas y un empate en la temporada 2022-23 terminaría con su destitución al frente del conjunto ilicitano. Casualmente su último partido como entrenador fue el disputado en Octubre de 2022 en el Estadio de Vallecas, donde el Elche sucumbía por 2-1 con goles de Camello y Unai López, este último en tiempo de añadido.

Ahora Francisco llega al Rayo Vallecano con la difícil tarea de hacer olvidar la etapa de Andoni Iraola al frente del banquillo vallecano.